醫學微生物檢驗在醫學研究中是一個很重要的環節之一，這一環節處理妥當以后，對于以后的其他研究有著很大的幫助。有著重大的現實意義。在當今我國醫學科技的發展中，隨著人們對醫療服務質量要求的提高，醫學檢驗的要求必須專業化。
1 在微生物的檢驗中，首先必須注重實驗室的設置
這是一個至關重要的外在條件，因為研究的大部分內容都必須在里邊完成。我國目前由于受經濟和技術條件限制，不少微生物實驗室仍將實驗用房簡易分隔成操作間和緩沖間，操作間又分隔成許多小隔離區，如霉菌區等，并靠安裝幾支紫外線消毒燈，以達到隔離與消毒的目的。這種實驗室格局在一部分醫療單位還在使用，并以菌落數等一些技術參數為控制指標，這些顯然已跟不上醫學發展的要求。什么樣的實驗室才算得上合格的實驗室呢?較完善的微生物實驗室一般應具備無菌實驗室、凈化實驗室、實驗室等，凈化實驗室應采用封閉過濾除菌，通風方式、吊頂、隔墻、圍護全部采用彩鋼板，地面作環氧樹脂自流平處理，并設置非凈化區、更衣區、凈化區。凈化實驗室應定期進行風速監測和及時更換過濾層罩，條件有限的實驗室可使用超凈工作臺；無菌室應配紫外線消毒裝置，在使用前后都應用紫外線燈照射消毒，并定期進行紫外線強度和空氣質量監測；實驗室除了正常管理、維護之外，要注意空氣過濾的質量和工作人員的隔離防護。
2 提高和加強操作人員的專業知識學習和技術培養是關鍵
實驗準備工作是微生物檢驗實驗的重要環節，必須提高操作人員業務水平和技術素質，加強實驗操作人員對專業知識的學習。熟悉每個微生物實驗的目的要求、菌株的采集保存、培養基和染液配制、用具準備等，并對實驗常用儀器的使用和維護、實驗用品的保管、實驗裝置的裝配等等熟練掌握，改進和提高實驗的準備工作，使其與其他各個環節密切配合。
實驗準備工作是實驗技術與專業理論、相關專業理論的有機結合，是體力勞動與腦力勞動的結合。缺乏理論指導的實驗準備是盲目的。我們實驗的內容是活生生的病原微生物，有一定的危險陛，因此必須有嚴謹的工作精神和安全意識。
同時，不同的微生物生長有其自身的特點，需要準確把握最佳生長期進行實驗。如“IMVC”實驗是一組常用的生化鑒定實驗，需要給出明顯的陽性、陰性所呈現的現象，哪些細菌呈現陽性結果?哪些細菌呈現陰性結果?并且現象明顯，這就需要我們掌握腸桿菌的生理生化反應特性，熟悉各類培養基的成分。實驗技術人員只有做到這一點，才能對實驗結果有較準確的預見性，實驗準備才會得心應手。因此實驗技術人員必須掌握本專業的基礎知識才能勝任。
3 保證檢驗結果的準確性和可靠性是最終目的
前邊所有的一切過程，主要的目的就是為了保證微生物檢驗結果的準確性和可靠性。要保證這一點，微生物實驗室必須建立質量控制體系，充分考慮到影響檢驗結果的因素并加以控制，可提高微生物檢驗工作的質量。而且有質量保證的樣品是獲得正確檢驗結果的基礎。雖然樣品種類繁多，但不同品種的樣品都要按照國家規定的標準方法進行采樣，每個樣品要登記并注明名稱、數量、批號、采樣日期等。不同的樣品要采用不同的運輸和保存方法，防止樣品在運輸和保存過程中微生物數量的改變。微生物實驗室可根據各自情況參照國際食品規格委員會(ICMSF)推薦的食品采樣方法和標準建立可靠的質量評價方法以保證樣品合格。
購置培養基和試劑時要求供應商提供產品質控證書，盡量選擇通過ISO 9001的生產廠家購買。培養基和試劑使用前首先通過外觀、批號、pH值、滅菌要求、選擇性等進行初步評估，還要用陽性對照菌株做質控，按照培養基和試劑標簽說明的貯藏條件保存，不同批號的培養基和試劑不要混合使用。自配的染液每周必做質控。如果有條件可參照國際食品微生物與食品衛生委員會(ICFMH) 提供的關于培養基質控方法進行質控。
總之，能夠切實做好上邊所述的三點，對于微生物實驗的精確性和可靠性已經不是很大的問題。這對于我國醫學的發展將起著重大的作用。